В основе набора — разработанная компанией «
Лексоген» технология лигирования специфических линкеров к кэпированному 5’-концу мРНК, (
Cap-Dependent Linker Ligation, CDLL) в сочетании с обратной транскрипцией длинных последовательностей. Эта технология обеспечивает высокую селективность в отношении полноразмерных мРНК, которые обладают как кэпированным 5’-концом, так и полиаденилированным 3’-концом. Использование наборов
TeloPrime обеспечивает полную представленность транскриптома и возможность длинных прочтений при его секвенировании.
Особенности наборов TeloPrime:
- высокая специфичность по отношению к 5’-кэпам и 3’-полиА;
- Новое! оптимизированы синтез второй цепи кДНК и её амплификация для преимущественного синтеза длинных кДНК (> 2 кб);
- набор идеален для секвенирования по технологии Oxford Nanopore, дающей длинные риды;
- все стадии — в одном протоколе;
- требуемое исходное количество РНК минимально — от 1 нг до 2 мкг;
- гибкий протокол предусматривает возможность использования пользовательских праймеров для обратной транскрипции.
Области применения наборов TeloPrime:
- подготовка библиотек для секвенирования по технологии NGS и Oxford Nanopore;
- RACE — быстрая амплификация концов кДНК;
- получение РНК-проб;
- получение кДНК для клонирования.
Протокол включает в себя следующие стадии:
- синтез первой цепи кДНК путём обратной транскрипции с олиго(дТ) праймером;
- лигирование специфического олигонуклеотидного дуплекса с 5’-концом полноразмерных дуплексов мРНК-кДНК;
- синтез второй цепи кДНК;
- амплификация двухцепочечной кДНК с праймерами, комплементарными концевым структурам полноразмерных кДНК.
В состав набора входят все необходимые реагенты и колонки для очистки продуктов реакций.
Реагенты для ПЦР также можно приобрести отдельно в виде
TeloPrime PCR Add-on Kit V2.
Наборы
TeloPrime обеспечивают более высокую точность при идентификации сайта начала транскрипции по сравнению с другими методиками синтеза кДНК — переключением цепи или использованием кэпирующих олигонуклеотидов.