Набор реагентов SG GM предназначен для ферментативной подготовки полногеномных секвенирующих библиотек по технологии Shotgun Sequencing. Данный метод подразумевает исследование генома за счет его случайной фрагментации ферментом — с последующим секвенированием полученных коротких фрагментов и их сборкой in silico. Использование ферментативного подхода позволяет точно контролировать размер получаемых фрагментов (от 130 п.н.) путем регулирования времени реакции, что обеспечивает высокую воспроизводимость результатов. Набор демонстрирует универсальность, работая как с геномной ДНК, так и с длинными ампликонами (свыше 800 п.н.), что делает его идеальным инструментом для решения задач de novo секвенирования, метагеномного анализа и полнотранскриптомного секвенирования (RNA-Seq).
Особенности набора ShotGun, SG GM
- Путем варьирования продолжительности ферментативной фрагментации можно контролировать размер получаемых фрагментов;
- стадии репарации и лигирования выполняются последовательно в одной пробирке;
- очистку после стадии лигирования рекомендуется проводить с применением парамагнитных частиц по технологии SPRI (метод селекции ДНК по длине, применяемый для выделения фрагментов ДНК заданного размерного диапазона из смеси фрагментов различной длины);
- индексы вводятся в библиотеку с помощью ПЦР, индексные праймеры совместимы с праймерами платформы Illumina TrueSeq;
- оптимальное количество циклов ПЦР — 8.
Состав набора ShotGun, SG GM
- 3 в 1 буфер;
- 3-фермент;
- ДНК-нуклеаза;
- лигазный буфер;
- лигаза;
- адаптеры;
- ПЦР буфер;
- ПЦР фермент 1;
- ПЦР фермент.
Обратите внимание, что следующие компоненты, необходимые для завершения подготовки библиотек, в комплект не входят и приобретаются отдельно.
Реагенты для очистки: парамагнитные частицы на основе технологии SPRI (например, Smart beads, Raissol, арт. #smartb 50/120/240) для селективного осаждения и отмывки фрагментов ДНК на различных стадиях протокола.
Праймеры для индексирования: комплекты уникальных праймеров (#Plate1_SG_GM и #Plate2_SG_GM), необходимые для введения индексов и последующего объединения (мультиплексирования) образцов в одном потоке секвенирования на платформах Illumina.
Условия хранения: для всех компонентов набора SG GM требуется соблюдать температурный режим хранения -20 °C, срок годности — 12 мес.
